南通市婦幼保健院始建于1983年，前身是南通市婦產(chǎn)科醫(yī)院，1999年與南通市婦幼保健所合署辦公，2002年更名為南通市婦幼保健院，目前醫(yī)院是南通市唯一一家三級甲等婦幼保健院。2015年，醫(yī)院增掛南通市兒童醫(yī)院牌子。2020年，作為市政府為民辦實事項目，兒童綜合大樓開工建設，并于2024年4月正式投入使用。

醫(yī)院坐落于南通市新城區(qū)，毗鄰南通市行政中心。醫(yī)院占地面積68786平方米，總建筑面積125933平方米，總編制床位1090張，一期編制床位600張，二期兒童醫(yī)院編制床位490張。醫(yī)院設有27個臨床保健醫(yī)技一級科室及20個住院病區(qū)。醫(yī)院現(xiàn)擁有國家級首批特色建設單位2個（婚前保健、孕前保?。?，江蘇省第三周期婦幼保健重點學科1個、江蘇省省級臨床重點專科建設單位1個、市級臨床重點?？?6個、“十四五”市臨床醫(yī)學中心（創(chuàng)新平臺）1個、市級重點學科2個、市級重點學科（建設單位）2個。醫(yī)院為國家級首批嬰幼兒照護中心規(guī)范基地、國家級婦產(chǎn)介入標準化培訓基地、江蘇省新生兒疾病篩查南通分中心、江蘇省產(chǎn)前診斷篩查南通分中心、江蘇省首批產(chǎn)后康復培訓基地、江蘇省首批兒童早期發(fā)展基地、江蘇省首批新生兒保健特色?？平ㄔO單位、江蘇省新生兒危急重癥救治中心、南通市孕產(chǎn)婦危急重癥救治中心、南通市母嬰專科護士培訓基地、南通市助產(chǎn)專科護士培訓基地、南通市兒童危重癥?？谱o士培訓基地。