南通市婦幼保健院藥學部，集藥學服務、科、教、研為一體，現為中華醫學會臨床藥師規范化培訓中心，南通市臨床重點專科建設單位，南通大學藥學院等多所高校藥學專業實習基地。部門現有專業技術人員39人，其中高級職稱10人（占比25.6%），博士2人，碩士17人，碩博人才占比達48.7%，擁有江蘇省婦幼健康重點人才培養對象1人，南通市226高層次人才培養對象2人，臨床藥學碩士生導師2人、聯合培養導師4人，獲國家臨床藥師資質認證專科臨床藥師7人，中華醫學會臨床藥師規范化培訓師資3人。

藥學部設有臨床藥學科、藥品調劑科和藥庫三個部門，下設臨床藥學室、藥學門診（含圍生期藥學特色門診）、藥學實驗室、藥品不良反應監測辦公室、靜配中心及智能化審方中心等功能單元，承擔全院藥品的保障和調劑、藥物咨詢、藥學科普、醫囑審核、藥物濃度監測、藥學會診、患者用藥教育及藥物不良反應分析與上報等專業技術服務。2020年創新開設南通地區首個妊娠期藥學門診，并參與制定《妊娠期藥物致畸風險咨詢技術規范》。近年來，圍繞"圍生期安全用藥"主題，累計舉辦國家級繼續教育項目2項、省/市級項目各2項，搭建了區域化妊娠期合理用藥學術交流平臺。

近五年承擔國家級科研項目1項（國家自然科學基金面上項目）、省部級課題1項、市廳級項目5項，發表SCI論文9篇、核心期刊論文14篇，獲得國家發明專利3項。部門獲中國藥學會兒童用藥科普比賽一等獎、江蘇省高校科研成果二等獎、江蘇中醫藥科學技術獎三等獎、南通市優秀中醫藥項目一等獎、華東杯江蘇省醫院藥師演講二等獎、南通市青年醫務人員職業技能競賽三等獎等榮譽，多人獲南通市“十佳醫院藥師”稱號。